El templo de San Miguel inició su construcción en la segunda década del siglo XVIII y, como otras edificaciones de esta característica, tardó varios años en ponerse en servicio. Ubicado en uno de los barrios más populares de la ciudad, ayudaba a atender las necesidades de los habitantes del Barrio del Escorial. Se trataba de una muy pequeña capilla, levantada a extramuros de la ciudad, la que pronto se hizo de un numeroso culto entre los feligreses y servía de ayuda de parroquia para sepultar algunos muertos.

El 26 de enero de 1911, por disposición del señor arzobispo de Durango, Dr. Francisco de Paula Mendoza y Herrera, se entregó al padre carmelita Hipólito Delgado la antigua capilla de San Miguel Arcángel, a la que se le añadió el nombre de El Carmen, para que allí se establecieran en Durango los frailes de la Orden del Monte Carmelo.

Casi dos meses después se iniciaron las obras de reconstrucción de la capilla, para hacerla funcional a los requerimientos de los frailes carmelitas. Se demolió por completo la antigua capilla y se dio comienzo a la edificación de un templo completamente nuevo, más amplio y funcional.

La construcción se realizó en un tiempo verdaderamente breve, considerando las características y dimensiones de la construcción pues, según reza una inscripción en el frontón de la iglesia, ésta se concluyó el 25 de marzo del año siguiente de 1912, con el nombre de templo de San Miguel y El Carmen.

El templo permaneció bajo el cuidado de los padres carmelitas hasta que se trasladaron al santuario que levantaron bajo la advocación de Nuestra Señora de Fátima y el Carmen, por lo que la capilla que administraban de nueva cuenta pasó a la conducción del clero secular, reduciéndose su nombre a templo de San Miguel, como hasta la fecha se conoce.