Aún cuando nunca se considera al Santuario como una edificación antigua, éste fue construido de mitad del siglo XVII (1657) a 1722 cuando se terminó su primer etapa. De estilo neogótico, es posible que sea uno de los templos más sobrios de esa época con que contamos, ya que sus decoraciones barrocas son de lo más austero posible.
El Santuario con 286 años desde que se terminó de construir es uno de los templos más visitados por los fieles ya que está dedicado a la Virgen de Guadalupe y en su día el 12 de diciembre, literalmente son miles las personas que acuden a darle gracias por su bendiciones, además de las peregrinaciones de danzas de matachines que continuamente arriban a su atrio y altar mayor, atestiguando lo mestizo de la religión católica en México.
En su presbiterio están sepultados los seis padres insurgentes acompañantes de Don Miguel Hidalgo y Costilla, al momento de ser arrestado en Acatita de Baján, un tiempo después y ya separados de Hidalgo fueron fusilados en Durango en el cerro de la cruz el 17 de julio de 1812.