El inmueble en donde se ubica fue construido a finales del siglo XIX y al paso de los años funcionó como casa-habitación, imprenta y archivo del Estado. Actualmente forma parte del catálogo de monumentos históricos del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH). Fue restaurado en 1998 con un proyecto del historiador Javier Guerrero Romero y el arquitecto Juan Águila. Fue inaugurado como museo el 3 de agosto de ese año, con el objetivo de preservar y difundir el patrimonio arqueológico de Durango y de la región conformada por los estados de Zacatecas, Sinaloa, Nayarit y Jalisco. Cuenta con una sala de lectura y siete salas permanentes denominadas: El medio físico, Los Grupos del Paleoindio y Arcaico, Grupos Loma San Gabriel, Cultura chalchihuites y guadiana, Cultura aztatlán, Arte rupestre y El método arqueológico.
Organiza visitas guiadas, paseos por sitios arqueológicos y cursos de modelado en barro y talabartería.
Horarios: Lunes a Viernes 9:00 am – 6:00 pm / Sábados y Domingos 11:00 am – 6:00 pm